九三学社的前身是民主科学座谈会。1944年底，一批进步学者为争取抗战胜利和政治民主，继承和发扬五四运动的民主、科学精神，在重庆组成民主科学座谈会，讨论时局，发表政见。后为纪念1945年9月3日抗日战争和国际反法西斯战争胜利，于1946年5月4日在座谈会基础上正式成立九三学社。解放战争时期，九三学社支持中国共产党的各项政治主张，在北平、上海、南京、重庆等地积极参加中国共产党领导的反内战、反饥饿、反迫害等运动。1949年 1月，九三学社发表宣言，响应中共中央毛泽东主席的八项和平主张，拥护召开新政治协商会议。1949年 9月，九三学社代表参加了中国人民政治协商会议第一届全体会议，参与了《中国人民政治协商会议共同纲领》的制定、中央人民政府的组成和中华人民共和国的建立。

中华人民共和国建立后，九三学社郑重宣布：接受中国共产党的领导，以《中国人民政治协商会议共同纲领》作为自己的政治纲领。此后，九三学社作为中国共产党领导的多党合作中的一个民主党派和爱国统一战线的成员，参加国家政权。1956年 2月和1958年12月，九三学社先后召开第一、第二次全国代表大会。九三学社在团结推动成员及所联系的人士，积极投身于中国共产党领导的“抗美援朝”、“土地改革”、“镇压反革命”三大运动和社会主义的经济、科技、教育等各项建设事业，为加强全国人民的团结，巩固人民民主专政，推动社会主义革命和社会主义建设事业作出了自己的贡献。“文化大革命”期间，由于林彪、江青反革命集团的破坏，九三学社被迫停止活动。

1978年中国共产党第十一届三中全会以后，九三学社恢复了活动。随着全国工作重点的转移，九三学社把工作重点转移到为现代化建设服务上来。1979年10月和1983年12月，九三学社先后召开了第三、第四次全国代表大会，确定九三学社以经济建设为中心，致力于发展和完善业已确立的中国共产党领导的多党合作和政治协商制度，继续参加国家政权，参与国家大政方针和国家领导人选的协商，参与国家事务的管理，参与国家方针、政策、法律、法规的制定和执行，遵循同中国共产党“长期共存、互相监督、肝胆相照、荣辱与共”的方针。在国家政治生活、社会生活和建设事业中，九三学社发挥了越来越大的作用，诸如维护成员的合法权益，协助中国共产党和政府落实知识分子政策；就教育、科技、知识分子问题、经济建设等方面的重大课题进行调研，向中共和政府提出意见和建议；面向社会开展智力开发、科技咨询和支边支农等活动；推动成员和所联系的广大科学技术、高等教育和医药卫生界专家学者做好岗位工作，为改革和现代化建设多作贡献;协调有关方面的关系，维护安定团结的政治局面，积极开展海外联络和人民外交活动，促进祖国统一和国际间的相互了解。1988年12月，九三学社举行了第五次全国代表大会，修改了社章，确定今后的任务是：在爱国主义和社会主义的旗帜下，广泛团结知识界人士，坚持民主和科学，致力于改革开放，为使中国成为富强、民主、文明的现代化国家而奋斗。

到2007年为止，九三学社在全国30个省、自治区、直辖市中的268个市（县）建立了委员会或筹委会。学社拥有社员8万8千人，其中60%拥有高级职称。在参政方面，九三学社现有104位全国政协委员，70位全国人大代表，19人任省级政协副主席，4人任省级人大常委会副主任，4人在政府任副省长或直辖市副市长。在学术方面，九三学社先后拥有150位中国科学院院士（学部委员）与中国工程院院士。九三学社社员王淦昌、邓稼先、赵九章、陈芳允、程开甲获“两弹一星功勋奖章”，王选、黄昆荣获2001年度国家最高科学技术奖。原九三学社中央委员储安平曾在反右运动中遭受迫害。